ตามที่ปรากฎเป็นข่าวว่า การรถไฟแห่งประเทศไทย (ร.ฟ.ท.) จะยกเลิกโครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดงเข้ม ช่วงหัวลำโพง – มหาชัย และได้เผยแพร่ต่อสาธารณชนนั้น กระทรวงคมนาคมโดย นายอาคม เติมพิทยาไพสิฐ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ได้รับการยืนยันจาก นายวรวุฒิ มาลา รองผู้ว่าการกลุ่มธุรกิจการบริหารทรัพย์สิน รักษาการผู้ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทย ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทยจะดำเนินโครงการดังกล่าวต่อไป เนื่องจากเป็นโครงการภายใต้แผนงานระบบขนส่งมวลชนทางราง ระยะที่ 1 โดยโครงการปัจจุบันได้ดำเนินการศึกษาออกแบบรายละเอียดโครงการไว้แล้วตั้งแต่ปี 2550 แต่ยังคงอยู่ระหว่างการปรับแก้ไข ซึ่งคณะกรรมการผู้ชำนาญการ ภายใต้คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติได้มีมติให้ปรับแบบการก่อสร้างโดยเฉพาะช่วงข้ามแม่น้ำเจ้าพระยา
โครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดงเข้ม ช่วงหัวลำโพง – มหาชัย เป็นส่วนหนึ่งของโครงการภายใต้ยุทธศาสตร์การพัฒนาโครงการรถไฟฟ้า 10 เส้นทาง ซึ่งสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.) ได้เคยศึกษาความเหมาะสมไว้ โดยเสนอให้ทำการปรับปรุงทางรถไฟสายแม่กลองเดิม จากสถานีหัวลำโพงไปยังอำเภอมหาชัยจังหวัดสมุทรสาคร ระยะทางในช่วงนี้ 38 กิโลเมตร และและจะสามารถเชื่อมต่อไปยังจังหวัดสมุทรสงครามที่สถานีปากท่อในระยะต่อไป
ในการศึกษาฯ ของ สนข. ได้แบ่งความต้องการออกเป็น 2 ส่วน คือ แผนการพัฒนาทางรถไฟให้เชื่อมต่ออย่างสมบูรณ์จากหัวลำโพงถึงมหาชัยก่อน และอีกส่วนหนึ่ง คือ การพัฒนาศูนย์คมนาคมขนส่งตากสินเพื่อเป็นการขยายเขตการให้บริการรถไฟชานเมืองและระบบขนส่งมวลชน โครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดงเข้ม ช่วงหัวลำโพง – มหาชัย จะเป็นรถไฟฟ้าชานเมืองที่มีรูปแบบ (Commuter Train) มีระบบจ่ายไฟเหนือหัว (Catenary) สามารถทำความเร็วได้สูงสุด 120 กิโลเมตรต่อชั่วโมง ซึ่งเร็วกว่าระบบจ่ายไฟรางสาม (Third Rail) ที่ใช้กันอยู่ในโครงข่ายของรถไฟฟ้าในเขตเมืองที่ทำความเร็วสูงสุดได้แค่ 80 กิโลเมตรต่อชั่วโมง จึงมีความเหมาะสมที่จะเป็นรถไฟชานเมือง และสามารถต่อระยะทางให้ยาวขึ้นได้
ทั้งนี้ กระทรวงคมนาคมขอยืนยันว่า โครงการดังกล่าวยังอยู่ในแผนงานของ รฟท. และจะดำเนินการของบประมาณประจำปี 2563 จ้างที่ปรึกษาทบทวนแบบรายละเอียดและจัดทำเอกสารประกวดราคา วงเงิน 90 ล้านบาท เพื่อดำเนินการออกแบบการก่อสร้างใหม่ในส่วนเฉพาะที่มีปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม (EIA) แต่อาจจะปรับแผนการดำเนินงานโดยออกแบบเป็นอุโมงค์ลอดแม่น้ำเจ้าพระยาเชื่อมต่อระหว่างหัวลำโพง – วงเวียนใหญ่ก่อน และก่อสร้างเป็นทางวิ่งระดับดินและยกระดับตั้งแต่วงเวียนใหญ่ – มหาชัย
โดยโครงการดังกล่าวจะเป็นประโยชน์อย่างมากในการเชื่อมต่อโครงข่ายโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว ช่วงสะพานตากสิน – บางหว้า โครงการรถไฟฟ้าสายสีม่วง ช่วงเตาปูน – ราษฎร์บูรณะ ตลอดจนบริเวณวงเวียนใหญ่ และเชื่อมต่อโครงการรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงินที่แยกท่าพระได้ อันเป็นผลทำให้มีโครงข่ายที่สมบูรณ์ ดังนั้น กระทรวงคมนาคมจึงขอยืนยันจะดำเนินโครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดงเข้ม ช่วงหัวลำโพง – มหาชัย ให้เกิดเป็นรูปธรรมโดยเร็วต่อไป