กรมเจ้าท่า โดยสำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 3 (สมุทรสงคราม) มีภารกิจเป้าหมาย ขอบเขต และหน้าที่ในการกำกับดูแลในพื้นที่รับผิดชอบ ประกอบด้วยสำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคสาขาสมุทรสงคราม, สาขาประจวบคีรีขันธ์, สาขากาญจนบุรี, สาขาสมุทรสาคร,สาขาเพชรบุรี และสาขานครปฐม เพื่อการกำกับดูแลพื้นที่ให้เป็นไปตามกฎหมาย และระเบียบของกรมเจ้าท่า และกระทรวงคมนาคม เพื่อควบคุมการปฏิบัติงานอย่างมีประสิทธิภาพ ตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทย กฎหมายว่าด้วยการป้องกันเรือโดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการพาณิชยนาวี กฎหมายว่าด้วยการขนส่งต่อเนื่องหลายรูปแบบ รวมทั้งกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมายจากกรมเจ้าท่า
นอกจากนี้ ยังได้วางระบบตรวจสอบ และเพิ่มมาตรการความปลอดภัยทางน้ำช่วงเวลาเร่งด่วน ดำเนินการตรวจสอบใบอนุญาตคนเรือ ใบอนุญาตเดินเรือ และอุปกรณ์ประจำเรือในการโดยสารทางน้ำ อุปกรณ์ประจำเรือ แพชูชีพ พวงชูชีพ เสื้อชูชีพ ให้พร้อมใช้งานอยู่ตลอดเวลา เนื่องจากมีปริมาณการใช้ ขนส่งทางน้ำและการให้บริการเรือโดยสารเป็นจำนวนมาก ทาง เป็นไปตามแนวทางของกรมเจ้าท่าและกระทรวงคมนาคม เพื่อลดอุบัติเหตุการใช้บริการท่าเรือ และกระชับมาตรการความปลอดภัยของเรือโดยสาร รวมถึงการจัดหาอุปกรณ์ประจำเรือให้เพียงพอและพร้อมใช้งานได้ตลอดเวลา
ทั้งนี้ สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 3 ได้จัดส่งเรือตรวจการณ์ลำน้ำของกรมเจ้าท่า ออกตรวจเส้นทางสัญจรในช่วงเวลาเร่งด่วนและออกตรวจตามช่วงเวลาตลอดทั้งวัน เพื่อป้องปราบการกระทำผิดของผู้ประกอบการ เพิ่มประสิทธิภาพในการช่วยเหลือในกรณีเหตุฉุกเฉิน และกำชับผู้ควบคุม ให้มีการติดตามข้อมูลข่าวสารสภาพอากาศ ข่าวพยากรณ์อากาศ ซึ่งการดำเนินการประสบผลสำเร็จ ส่งผลให้ลดการกระทำผิดในการขนส่งผู้โดยสารได้อย่างมีประสิทธิภาพในพื้นที่ ซึ่งประชาชนและนักท่องเที่ยวสามารถแจ้งหรือพบเห็นความไม่ปลอดภัยทางน้ำ สามารถแจ้งสายด่วนกรมเจ้าท่า 1199 ตลอด 24 ชั่วโมง
