กรมเจ้าท่า โดยสำนักมาตรฐานเรือ มีภารกิจหน้าที่ในการดำเนินการตรวจสภาพเรือ เครื่องจักร อุปกรณ์ และเครื่องใช้ประจำเรือ เพื่อออกใบสำคัญรับรองตามอนุสัญญาระหว่างประเทศ การตรวจอนุมัติแบบแปลนเรือให้เป็นไปตามกฎหมาย หรืออนุสัญญาระหว่างประเทศ ตลอดจนติดตามการปรับปรุงแก้ไขอนุสัญญาระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง การตรวจเรือสำหรับเรือต่างประเทศที่เดินเรือเข้ามาในน่านน้ำไทยตามกฎหมาย หรืออนุสัญญาหรือความตกลงระหว่างประเทศ ตลอดจนการกำหนดมาตรฐานเรือ อุปกรณ์ประจำเรือให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล การกำหนดหลักเกณฑ์และกำกับดูแลองค์กรให้เป็นไปตามมาตรฐานเดียวกัน และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
อย่างไรก็ตาม สำนักมาตรฐานเรือได้วางโครงสร้างและภารกิจหน่วยงานภายในให้มีความชัดเจนในการปฏิบัติงาน ประกอบด้วย
1.ฝ่ายบริหารงานทั่วไปที่รับผิดชอบในการจัดทำระเบียบการฝึกอบรม ระเบียบผู้เชี่ยวชาญตามสายงานและคุณสมบัติ ของบุคลากร
2.ส่วนตรวจสภาพเรือ ทั้งเครื่องจักร อุปกรณ์ และเครื่องใช้ประจำเรือเพื่อออกใบสำคัญรับรองการตรวจเรือตามกฎข้อบังคับและออกใบสำคัญรับรองตามอนุสัญญาระหว่างประเทศที่ประเทศไทยเป็นรัฐภาคี และตามพันธะกรณีที่ต้องดำเนินการให้เป็นไปตามข้อกำหนดของอนุสัญญาระหว่างประเทศและตามข้อกำหนดในความตกลงระหว่างประเทศ เพื่อเป็นการอำนวยประโยชน์ต่อการเดินเรือพาณิชย์ระหว่างประเทศของเรือไทย
3.ส่วนตรวจแบบเรือ (วิศวกรรมเรือและนวัตกรรม) ตรวจอนุมัติแบบแปลนเรือทั้งด้านวิศวกรรมโยธา วิศวกรรมเครื่องกล วิศวกรรมไฟฟ้าและวิศวกรรม สาขาอื่นๆ ให้เป็นไปตามกฎหมายระเบียบกฎข้อบังคับและข้อกำหนดของอนุสัญญาระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง
4.ส่วนควบคุมเรือในเมืองท่า ตรวจเรือต่างประเทศที่เดินทางเข้ามาในน่านน้ำไทย ตามกฎข้อบังคับ ข้อกำหนด หรือความตกลงระหว่างประเทศที่ประเทศไทยเป็นสมาชิกและตามพันธกรณีที่ต้องดำเนินการตามความตกลงระหว่างประเทศ ตลอดจนเสนอแนะเพื่อปรับปรุง แก้ไข กฎข้อบังคับสำหรับการตรวจและควบคุมเรือในเมืองท่า และ 5.ส่วนมาตรฐานอุปกรณ์ประจำเรือ กำหนดมาตรฐานอุปกรณ์ประจำเรือ และความปลอดภัยในเรือ
ทั้งนี้การดำเนินงานของสำนักมาตฐานเรือเป็นไปตามแผนการยกระดับมาตรฐานเรือ โดยจะมุ่งปฏิบัติการตรวจสอบสภาพเรือ อบรมเจ้าพนักงานตรวจเรือ ตรวจสภาพโครงสร้างตัวเรือ แบบแปลนเรือ อุปกรณ์ประจำเรือ ให้เป็นไปตามมาตรฐานความปลอดภัย ของกรมเจ้าท่าและเป็นไปตามกฎข้อบังคับการตรวจเรือ ซึ่งเรือทุกลำจะต้องผ่านการตรวจสภาพเรือจากเจ้าหน้าที่เพื่อความปลอดภัยของสภาพตัวเรือ สร้างความเชื่อมั่นในการให้บริการผู้นำเข้า-ส่งออก และการบริการประชาชน โดยการพัฒนาศักยภาพของบุคลากรเจ้าหน้าที่ในการตรวจเรือให้เป็นมาตรฐานเดียวกัน หากตัวเรือมีสภาพที่ไม่พร้อมต่อการใช้งานและไม่เป็นไปตามระเบียบที่กรมเจ้าท่ากำหนดจะไม่มีการออกใบรับรองการตรวจสภาพเรือ รวมถึงการเน้นย้ำให้เจ้าพนักงานตรวจเรือ ออกตรวจสภาพเรือเป็นประจำอย่างต่อเนื่อง